東莞真空包裝機中重要的其一環節就是除氧。利用東莞真空包裝的主要作用是除氧，以有利于防止食品變質，其原理也比較簡單，因食品霉腐變質主要由微生物的活動造成，而大多數微生物（如霉菌和酵母菌）的生存是需要氧氣的，而真空包裝就是運用這個原理，把包裝袋內和食品細胞內的氧氣抽掉，使微生物失去“生存的環境”。實驗證明：當包裝袋內的氧氣濃度≤1％時，微生物的生長和繁殖速度就急劇下降，氧氣濃度≤0．5％，大多數微生物將受到抑制而停止繁殖。（注：真空包裝不能抑制厭氧菌的繁殖和酶反應引起的食品變質和變色，因此還需與其他輔助方法結合，如冷藏、速凍、脫水、高溫殺菌、輻照滅菌、微波殺菌、鹽腌制等。

  真空除氧除了抑制微生物的生長和繁殖外，另一個重要功能是防止食品氧化，因油脂類食品中含有大量不飽和脂肪酸，受氧的作用而氧化，使食品變味、變質。此外，氧化還使維生素A和維生素C損失，食品色素中的不穩定物質受氧的作用，使顏色變暗。所以，除氧能有效地防止食品變質，保持其色、香、味及營養價值。小型真空包裝機只要能達到一定的真空度，也是同樣的效果。